1. Frühsyphilis (bis zu 2 Jahre nach Infektion)
Stadium I: Schon wenige Stunden nach Infektion finden sich Erreger im Blut. Nach einer Inkubation von durchschnittlich 3 Wochen entwickelt sich an der Eintrittstelle aus einer schnell zerfallenden Papel das typischerweise etwa münzgroße, indurierte (harter Schanker), schmerzlose Primärulkus, der syphilitische Primäraffekt, der nach 4 - 6 Wochen abheilt.
Außerdem kommt es zu regionalen Lymphknotenschwellungen (derb, schmerzlos, beweglich, deutlich voneinander abgrenzbar).
Bei Nichtbehandlung erreicht die Erkrankung das Staduim II; es kommen allgemeine Krankheitsbeschwerden (Kopf- und Gliederschmerzen, Fieber, Müdigkeit, Gelenk- und Muskelschmerzen) hinzu. Gelegentlich kommt es auch zu lokalem Haarausfall, häufig zu juckreizlosen, maserähnlichen Hautausschlägen ("Halsband der Venus").
Die Symptome der Stadien I und II klingen auch unbehandelt im Laufe von 1 - 2 Jahren ab, ohne dass jedoch die Krankheit ausheilt (Nachweis der Erkrankung nur noch serologisch möglich). Außerdem treten die Symptome der Frühsyphilis (Stadien I und II) nur in etwa 50% der Infektionen auf.

2. Spätsyphilis
Das Stadium III der Syphilis kennzeichnet sich zunächst durch eine Phase ohne klinische Symptome (Lues latens). Diese beschwerdefreie Phase kann nach etwa 5 Jahren von tuberösen Hauterscheinungen (das sind nässende, breitbasig aufsitzende, wuchernde, treponemenreiche Papeln) gefolgt sein; Achtung: Die abgesonderte Flüssigkeit ist hochinfektiös! Es treten häufig auch Gummen (zu Einschmelzung u. Defektbildung neigende Granulome) auf, die prinzipiell jedes innere Organ, vor allem aber Knochen (Periostitis gummosa), Nasenseptum, harten und weichen Gaumen, befallen.
Beobachtet werden auch kardiovaskuläre Veränderungen wie luetische Aneurysmen (Ausbeulungen der Aorta), die nach 10 - 30 Jahren reißen können (inneres Verbluten).

Das Stadium IV der Syphilis wird heute selten beobachtet und ist das Endstadium mit tödlichem Ausgang. In diesem Krankheitsstadium hat die Syphilis auch das ZNS befallen; man bezeichet die Erkrankung daher auch als Neuro-Lues.
Eine Form ist die Tabes Dorsalis, die Degeneration der Hinterstränge des Rückenmarks, die mit Sinnesstörungen, plötzlich einschießenden Schmerzen in Unterbauch und Beinen, Muskelkrämpfen und Sensibilitätsverlust einhergeht.
Es kann auch eine syphilitische Meningitis auftreten, die mit Absterben von Gehirnmasse einhergeht.